近年、消しゴムはんこを使って、チョコレートやクッキーの型、アイシングクッキーの模様づけなどに使うケースが一部のSNS等で広がっていますが、一般的に市販されている消しゴム（消しゴムはんこ専用消しゴム等も含む）には、原材料の中に発がん性のある物質が含まれている場合があり、消しゴムはんこが食品に触れることは適切ではありません。また、消しゴムのかけらが食品に混入する危険性もあります。
消しゴムはんこを食品対応としてハンドメイド販売サイト、イベント等で販売することは「食品衛生法」違反として罰せられることがあります。家庭内での使用についても健康被害の発生を防止する観点から、消しゴムはんこが食品に直接触れるような使用することはお控えください。